Edith Stein døde i Auschwitz-Birkenau som offer for nazisternes forbrydelser. Sammen med sin søster, der også havde tilsluttet sig den katolske nonneorden karmeliterne, blev hun dræbt i gaskammeret den 9. august 1942 – efter at være blevet deporteret til dødslejren sammen med over 200 andre jødiskfødte kristne, der var bosiddende i Holland.
Forud for deporteringen af Edith Stein, der som nonne havde taget navnet Theresa Benedicta af Korset, havde de katolske biskopper i Holland offentliggjort en fælles udtalelse, som var blevet læst højt i katolske kirker i landet den 20. juli 1942. I brevet fordømte biskopperne nazismen og opfordrede befolkningen til ikke at medvirke i nazisternes jødeforfølgelser. Som et modsvar på biskoppernes udmelding beordrede den øverstbefalende for besættelsesmagten i Holland, rigskommissær Arthur Seyss-Inquart, arrestationen af alle jødiske konvertitter til kristendommen, som indtil da havde været undtaget fra nazisternes udryddelsesprogram. Stein blev arresteret den 2. august 1942 i det karmeliterkloster i Holland, hvor hun havde boet siden i 1938, da hun blev smuglet ud af Tyskland.
I 1987 blev Edith Stein saligkåret som martyr af pave Johannes Paul II, og i 1998 helgenkåret. Saligkåringen af hende og ikke mindst hendes udnævnelse til martyr vakte debat. Kritikere har argumenteret for, at Edith Stein blev myrdet på grund af sin jødiske baggrund, ikke som martyr for sin kristne tro. Den katolske kirke har dog hele tiden – omend pave Johannes Paul II ved saligkåringen lagde vægt på Steins jødiske rødder og omtalte hende som ”en datter af Israel” – holdt fast i, at hun døde på grund af den katolske kirkes moralske lære og derfor er en sand martyr.
Den katolske kirke bygger blandt andet sin argumentation på, at arrestationen af Edith Stein fandt sted som en reaktion på de katolske biskoppers fordømmelse af nazisternes forbrydelser mod jøderne. Desuden lægger kirken vægt på, at Edith Stein allerede i sit testamente, som hun skrev i 1939, forberedte sig på at dø som offer for sin tro – i solidaritet med jøderne og for, at de skulle omvende sig og tro på Kristus. Sidstnævnte har også vakt harme i visse kredse, hvor saligkåringen af hende er blevet opfattet som en opfordring til konversion af jøder til katolicismen.
Edith Stein voksede op i et praktiserende jødisk hjem i det nuværende Polen og var som barn optaget af sin mors stærke tro. Som teenager erklærede hun sig imidlertid for ateist. Men som 30-årig blev hun døbt og optaget i den katolske kirke. Beslutningen traf hun efter at have læst karmeliternonnen og -reformatoren Teresa af Ávilas selvbiografiske skrifter, og umiddelbart efter sin dåb ønskede hun at gå i Teresa af Ávilas (1515-1582) fodspor og blive karmeliternonne.
Hendes åndelige vejledere frarådede hende dog at træde ind i et kloster så tidligt, og hun blev i stedet lærer ved en katolsk skole i Speyer i Tyskland og siden ved et institut for videnskabelig pædagogik. Nye antijødiske bestemmelser indført af nazisterne i 1933 betød, at hun mistede sin stilling, og hun reagerede ved at skrive et brev til pave Pius XI, hvor hun bad paven om at fordømme nazisternes handlinger:
”I årevis har lederne af nationalsocialismen prædiket had mod jøder (…) Men ansvaret falder i sidste ende på dem, der har bragt dem til dette punkt, og også på dem, der har været tavse, mens sådanne begivenheder har fundet sted. Alt, der er sket og fortsætter med at ske på daglig basis, stammer fra en regering, som kalder sig ’kristen’. I ugevis har ikke kun jøder, men også tusinder af trofaste katolikker i Tyskland, og – tror jeg – over hele verden – ventet og håbet på, at Kristi Kirke vil hæve sin stemme for at stoppe dette misbrug af Kristi navn.”
Hun modtog ikke svar på sit brev, og det vides ikke, om det nåede frem til paven. Men i 1937 udsendte paven en rundskrivelse, hvor han kritiserede nazismen og fordømte antisemitismen.